投资高新企业类港珠澳两地车牌指标的办理流程如下：

准备申请材料：

《外商投资企业设立（变更）回执》或《中华人民共和国台港澳侨投资企业批准证书》或《中华人民共和国外商投资企业批准证书》。

《企业法人营业执照》。

商号登记文件：

商号为香港公司的，提交《商业登记证》、《公司注册证书》（香港有限公司提供）或《法人团体的商业登记申请书》（香港无限公司提供）。

商号为澳门公司的需提交《商业登记证》（登录及附注）。

商户为自然人的，提交《港澳台居民居住证》或《港澳居民来往内地通行证》或《台湾居民来往大陆通行证》，外国人士需提交护照及护照的广东省内公证翻译。

商户为海外公司的，需提交海外商业登记证（经广东省内公证处或司法部认可的港澳律师行翻译的中文翻译本）。

《国家高新技术企业证书》。

车辆登记文件：若车主与商号名称不一致，需提交证明两者存在隶属关系（子母公司、股东或董事）的材料，如商号为香港有限公司的，需提交香港特别行政区政府公司注册处《周年申报表》等。

驾驶人资料：回乡证、身份证、内地驾照（复印件，印在一张 A4 纸上）。

网上申请：申请人登录广东省公安厅交通管理局政务服务网，填写相关资料并上传申请材料的电子文件，提交审核3。

审核与通知：相关部门对申请材料进行审核，审核结果通过手机短信方式告知申请人。如果申请通过，申请人会收到 “申请流水号”。

预约及现场提交：申请人凭借 “申请流水号” 在网上办事大厅预约前往实体大厅提交资料的时间，并按预约时间到广东省公安厅交通管理局办证大厅提交纸质材料，受理、拍照。

领取批准文件：经审核通过后，申请人可领取《粤港澳机动车往来及驾驶人驾车批准通知书》（批文卡）。

车辆检验与保险：

申请人收到审核通过短信通知后，凭受理回执到中国检验有限公司汽车检验中心验车。

购买内地机动车交通事故责任强制保险。

海关备案：申请人凭批文卡等相关材料到深圳海关隶属皇岗海关办理海关备案手续，取得海关核发的备案证明及车辆通关证件。

边检备案：申请人凭批文卡、驾驶人出境入境证件等相关材料到深圳边检总站皇岗边检站办理边检备案手续（备案驾驶人需本人携带相关材料到现场办理）。

领取号牌与车卡：

备案驾驶人驾车经获准通行的深港口岸通关，到深圳市公安局交通警察支队文锦渡车管所领取内地机动车号牌并固封。

备案驾驶人驾车到深圳海关隶属皇岗海关验车，凭批文卡等相关材料，申请领取安装用于口岸通关的车辆电子识别标签（即车卡）和驾驶人电子识别标签（即司机卡）。