办理香港入出内地商务车指标的换车手续费用主要包括以下几方面：

牌证工本费：通常在几百元左右，具体金额可能因地区和具体规定有所差异。比如有的地方可能是 200 - 500 元。

车辆检验费用：在香港特区的中国检验有限公司汽车检验中心进行新车查验和上线检验等，费用一般在数千元港币。这部分费用会根据具体的检验项目和车辆情况有所不同。

保险费用：需要购买内地机动车交通事故责任强制保险以及可能的其他商业保险，保险费用会根据车辆的型号、使用性质、保额等因素确定，一般每年的交强险费用在 1000 元左右，商业保险费用则视具体情况而定。

公证费用：如果委托他人办理换车手续，且需要进行公证委托书，那么会产生相应的公证费用。司法部认可的港澳律师行出具的商号公证委托书或广东省内公证处出具的商号公证委托书费用可能在数千元不等。

其他可能的费用：例如在办理过程中可能产生的文件复印、邮寄等杂费，这些费用相对较少，但也需要一定的支出。

总体而言，办理香港入出内地商务车指标的换车手续费用大约在数千元到上万元人民币不等，具体费用取决于多种因素。建议在办理前向相关部门或专 业机构咨询准确的费用信息。