申请粤港澳两地车牌指标的流程一般如下：

香港入内地商务车指标（粤 Z 车牌）申请流程

准备材料：需准备《粤港澳机动车辆往来及驾驶人驾车业务申请表》；《中华人民共和国台港澳侨投资企业批准证书》或《外商投资企业变更备案回执》；《企业法人营业执照》或其他证明文件；企业完税凭证；投资者登记文件；机动车登记文件；驾驶人证件；机动车角度为前进方向左侧 45 度、尺寸为 88mm×60mm 的彩色照片 1 张，驾驶人近期正面免冠白底大 1 寸的彩色照片 1 张等。

网上注册与申请：在广东省公安厅网站用公司名称注册账号，一家公司只能注册一次。注册成功后登录账号，上传相关材料扫描件，提交备案申请。

获取申办流水号：备案申请经核查通过后，会收到 “申办流水号”。

网上预约交工商资料：凭该流水号在网上预约交工商资料的时间。

核查：公安厅会根据情况进行现场核查或者以其他的方式核查企业的投资、纳税等情况。

审核与通知：相关部门对企业的纳税、投资等情况进行核实审批，确定是否符合车牌指标发放条件，审核通过后会通知申请人。

领取批准通知书：申请人接到通知后，到省公安厅领取批准通知书。

车辆检验：指标获批后，车辆需前往指定检测机构进行安全检验和相关技术检测，确保符合两地行驶的安全标准。

领取车牌：检验合格后，即可领取粤港澳两地车牌，并按规定安装在车辆上。

内地入香港商务车指标（FV 车牌）申请流程

准备材料：准备《粤港澳机动车辆往来及驾驶人驾车业务申请表》、《企业法人营业执照》、上一年度的审计报告、企业的机动车行驶证和车辆登记文件、驾驶人的居民身份证、港澳驾驶执照、内地驾驶证、往来港澳通行证、车辆角度为前方左侧 45 度、尺寸为 88mm×60mm 的彩色照片 1 张，驾驶人近期正面免冠红底大 1 寸的彩色照片 1 张等。

网上注册与申请：在广东省公安厅网站注册账号并登录，上传相关材料扫描件，提交备案申请。

审核与通知：相关部门对企业的纳税、经营等情况进行审核，审核通过后会通知申请人。

车辆检验：车辆需前往指定检测机构进行安全检验和相关技术检测。

办理车辆行驶证：审核通过且车辆检验合格后，在省公安厅办理车辆行驶证。

香港交通运输署办理禁区纸：申请人或其代理人需前往香港交通运输署办理禁区纸。

海关验车：车辆需到海关进行验车。

香港上牌：完成上述步骤后，在香港为车辆上牌。