自行办理粤港两地车牌（以常见的香港车入内地的粤 Z 车牌和内地车入香港的 FV 车牌为例）的申请流程如下：

一、粤 Z 车牌（香港车入内地）

确定申请资格：

在广东省投资的香港企业，上一年度在广东省纳税数额须达到一定标准。一般来说，纳税额达到 15 万元以上的，可以申办 1 个商务车指标；纳税额达到 50 万元以上的，可以申办 2 个商务车指标；纳税额达到 100 万元以上的，可以申办 3 个商务车指标。从申办第 4 个商务车指标起，上一年度的纳税数额每增加 100 万元即可增办 1 个商务车指标，不超过 15 个。

准备申请材料：

《外商投资企业设立（变更）备案回执》或《中华人民共和国台港澳侨投资企业批准证书》或《中华人民共和国境外商户批准证书》。

企业法人营业执照。

商业登记文件（香港公司需提供注册证书、商业登记证等）。

企业上一年度的纳税证明。

车辆登记文件，包括车辆行驶证、车辆注册登记证等（车辆必须在香港注册登记）。

香港居民身份证、回乡证、香港或内地驾驶证（驾驶员相关材料）。

网上申请：

登录广东省公安厅交通管理局政务服务网网上办事大厅，填写申请信息并上传相关证明文件的原件图片。

审核与受理：

相关部门对网上提交的申请材料进行初步审核，审核结果会通过手机短信告知申请人。

若审核通过，按照指定时间携带相关材料到广东省公安厅交通管理局办证大厅进行现场提交，工作人员对材料进行受理、拍照，并出具受理回执。

缴纳费用与领取批文卡：

按照规定标准交纳牌证工本费，凭受理回执在回执上指定的领证日期到办证大厅领取批文卡，也可选择邮寄服务。

香港相关手续办理：

购买香港机动车保险，并前往香港运输署过境服务分组申请香港机动车号牌的号码、《封闭道路通行许可证》（有效期较短）、《国际通行许可证》。

到指定的香港机动车号牌制作机构制作并取得号牌，然后在香港上葵涌验车中心预约验车，验车合格后，回到内地自行固封香港机动车号牌。

内地备案手续：

凭香港《封闭道路通行许可证》、《国际通行许可证》和批文卡，到广东省公安厅交通管理局办证大厅办理香港机动车号牌号码的备案手续，备案成功后领取更新后的批文卡。

二、FV 车牌（内地车入香港）

确定申请资格：

在广东省办理核准的国有企业、集体企业、私营企业，上一年度纳税数额须达到 100 万元人民币以上，可以申办 1 个内地入出香港商务车指标。

准备申请材料：

《企业法人营业执照》。

企业上一年度的纳税证明。

车辆登记文件，包括车辆行驶证、车辆注册登记证等（车辆必须在广东省注册登记）。

内地居民身份证、《往来港澳通行证》（通行证须有该公司多次往返的商务签注，且备案单位应与申请企业名称一致）、内地驾驶证（驾驶员相关材料）。

网上受理：

登录粤港两地车牌申请的网上办事大厅，填写申请信息并上传相关证明文件的原件图片，完成网上受理。

计分排队：

根据量化计分制度进入排队轮候阶段，在此期间，申请者可以继续在网上补录相应的纳税额及凭证，以提高计分。然后等待现场核验资料的通知。

现场核验：

收到现场核验资料的通知后，在网上预约现场办理时间，前往办证窗口递交证明资料的原件。如果核验通过，领取受理回执，等待后续审核结果的通知。

缴费取证：

审核通过后，购买内地机动车交强险并完成车辆验车，然后凭受理回执和验车信封到办证窗口缴费，并领取证件。

后续备案手续：

海关备案：前往皇岗海关进行车辆备案手续，取得海关核发的备案证明及车辆通关证件。

边检备案：司机本人携带回乡证和批文卡到皇岗边检备案，进行拍照和录指纹等程序。

领取车牌及固封：完成上述步骤后，前往指定地点领取内地机动车号牌并进行固封。